Следует учитывать, что замедление выделения индиго кармина возможно при хронической сердечной недостаточности, артериальной гипертензии и других заболеваниях, сопровождающихся нарушением почечного кровотока.

Раствор индиго кармина можно также вводить в полости и свищи для выявления нарушений целостности полости и протяженности свищевых ходов. При подозрении на одностороннее поражение почек при проведении хромоцистоскопической пробы следует произвести катетеризацию мочеточников.